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一半以上色譜柱的失效問題都是堵塞造成的。因此提高色譜柱使用壽命的一個關鍵點就是用規格為0.2微米的濾膜預先過濾移動相和樣品。
另一個重要方面是移動相和填料的相容性。標準反相固定相填料在1.5-9的pH值區間內表現都很穩定。在特定條件下（有機緩沖溶劑作為移動相）固定相填料甚至在pH值高達12的情況下仍能保持一定的化學穩定性。通常情況下，對于硅膠基質固定相，有機緩沖溶劑要比像磷酸鹽或者碳酸鹽類無機緩沖液顯得更溫和。
此外，應避免含有緩沖成分的移動相在色譜柱內靜置停留的時間超過10分鐘。此時，要么選擇一個非常緩慢的流速（在內徑為4.6毫米的色譜柱上選用0.1毫升/分鐘的移動相流速）而不是暫時關停色譜流，要么將含有緩沖成分的移動相就地換成非緩沖移動相（比如，水/乙腈70/30）。以避免移動相中緩沖鹽份析出而造成色譜柱的堵塞。
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