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以下原因可造成信號峰分裂：
色譜柱污染
毛塞局部堵塞
無效柱床
注射溶劑效應
共洗脫化合物
在注射未經過濾的樣品或者樣品溶劑和移動相不一致時，經常會導致色譜柱污染或毛塞局部堵塞。如果是由于樣品溶劑的不匹配，樣品組分可能在色譜柱入口處與移動相相混時，或是與毛塞的金屬質表面接觸時產生沉淀析出。
無效柱床的形成要么是由于流體動力學因素（高流速，移動相高粘度）對于裝填效果不佳的色譜柱帶來的應力作用，要么是由于機械作用力（色譜柱掉落）或者在化學作用下出現填料溶解（比如，pH>12）。
當注入溶劑的洗脫強度高于移動相時，會出現峰分裂或者峰形變寬。此效應在早期出現的洗脫峰上表現得尤其明顯。
峰分裂也可能在任意兩種化合物發生共洗脫時出現。如果是這個原因，使用更高柱效（理論塔板數）的色譜柱應能將峰信號彼此更好的分開。使用更小尺寸的填料顆粒或者提高柱長應該能解決問題。提高工作溫度和/或減小移動相粘度也可能促進分離效果。
此外，一種化合物可能在兩種狀態下被洗脫出來，比如，在移動相中呈離子對狀態的試劑量不足或者移動相緩沖能力不夠的話。
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